โรงเรียนมุกดาหาร ได้รับการประเมินคุณภาพภายนอกจาก สมศ.รอบแรก
เมื่อวันที่ ๒๑ – ๒๓ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๗
ผลการประเมินคุณภาพภายนอกของสถานศึกษา มีการประเมิน ๓ ด้าน คือ
ผู้บริหาร ด้านครูผู้สอน และด้านผู้เรียน ซึ่งสรุปผลการประเมินโดยภาพรวมตามมาตรฐานเป็นตารางดังเอกสารที่แนบ